کراتین مونوهیدرات یکی از ایمن‌ترین و پرمطالعه‌ترین مکمل‌های ورزشی است، اما مانند هر مکمل دیگری، در صورت مصرف نادرست یا عدم رعایت شرایط فردی ممکن است برخی عوارض خفیف ایجاد کند. آگاهی از این موارد به مصرف اصولی و بدون نگرانی کمک می‌کند.

احساس سنگینی یا ناراحتی گوارشی:
در برخی افراد، به‌ویژه در شروع مصرف یا مصرف دوز بالا، کراتین ممکن است باعث نفخ، دل‌درد یا احساس سنگینی معده شود که معمولاً با تقسیم دوز و مصرف همراه با آب کافی برطرف می‌شود.

افزایش وزن موقتی ناشی از احتباس آب:
کراتین باعث افزایش آب داخل سلولی عضلات می‌شود که ممکن است در هفته‌های ابتدایی مصرف، افزایش وزن جزئی ایجاد کند؛ این افزایش وزن چربی نیست و به‌دلیل هیدراته شدن عضلات اتفاق می‌افتد.

کم‌آبی بدن در صورت مصرف ناکافی مایعات:
کراتین نیاز بدن به آب را افزایش می‌دهد و در صورت ننوشیدن آب کافی، ممکن است فرد دچار سردرد یا احساس خشکی شود؛ به همین دلیل مصرف آب کافی در طول روز ضروری است.

گرفتگی عضلانی (در موارد نادر):
در برخی افراد حساس، کمبود آب یا الکترولیت‌ها در کنار مصرف کراتین می‌تواند باعث گرفتگی عضلات شود که با هیدراتاسیون مناسب قابل پیشگیری است.

فشار بر کلیه در افراد دارای بیماری زمینه‌ای:
در افراد سالم، مصرف کراتین مونوهیدرات مشکلی برای کلیه ایجاد نمی‌کند؛ اما افرادی که سابقه بیماری کلیوی دارند، باید قبل از مصرف با پزشک مشورت کنند.

عدم اثربخشی در صورت مصرف نامنظم:
مصرف نامنظم یا قطع و وصل کردن کراتین می‌تواند باعث کاهش اثرگذاری آن شود که ممکن است به‌اشتباه به‌عنوان «عوارض» تلقی شود.